ナショナル・バイオリソース・プロジェクト

ゲノムブラウザ

ネッタイツメガエルとその近縁種であるアフリカツメガエルは国際的な各ゲノムプロジェクトにより塩基配列が解読され公開されています。これらにより解明された配列およびその遺伝子モデル(各遺伝子のイントロンおよびエクソンの位置ならびに転写物の開始および終点を含む記述)など付随情報は上記の Xenopus laevis Genome Project を含む複数のウェブサイトから閲覧可能です。 これらのデータファイルは Xenbase などからダウンロードできます。また、ゲノムデータのビューアーや JBrowse などサーバー組み込み用ブラウザが各ダウンロードサイトにて無償で配布されています。

国立遺伝学研究所・豊田敦 教授が公開されていたサイトから 2018年に NBRP 情報センターのサーバに移管されました。NBRP 情報センター(遺伝研 川本 准教授)、NBRP ネッタイツメガエル、および日本ツメガエル研究会(中央大 福井 教授)により維持管理されています。アフリカツメガエルおよびネッタイツメガエルのゲノムをブラウズすることができます。

Xenopus laevis Genome Project(外部リンク)

日本発ゲノムブラウジング・サイトとしてはアフリカツメガエルのゲノム解読に携われた国立遺伝学研究所・豊田敦 教授が公開されているサイトがありました。このブラウザの公開は現在 NBRP 情報センターが引き継ぎ、データのメンテナンスには NBRP ネッタイツメガエルおよび日本ツメガエル研究会が協力してあたっています。

参考文献

Session AM et al. Genome evolution in the allotetraploid frog Xenopus laevis. Nature 538: 336–343 (20 October 2016)

Hellsten U et al. The genome of the Western clawed frog Xenopus tropicalis. Science 328: 633-636 (30 Apr 2010)

 
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